Prirodna erozija
Sankt-Peterburg se oduvijek suočavao s problemima povezanima s vodom: poplavama, erozijama i tako dalje. Najrazornija podzemna erozija se dogodila 1995., između stanica Ploščad Mužestva i Lesnaja, prisiljavajući ih na zatvaranje. Šteta je bila tolika da je trebalo gotovo deset godina da se završe popravci i ponovno uspostavi prometovanje. Štoviše, ova erozija je dovela do uništenja zgrada iznad zemlje. Voda koja je poplavila stanice je bila toliko brza da se vrata za slučaj opasnosti nisu do kraja zatvorila. Nasreću, svi putnici su spašeni. Iako je stanje temelja koje je utrlo put za nesreću zamijećeno još 1974., nitko ga nije shvatio ozbiljno i nikada nisu provedeni preventivni koraci.
'Mrtve' i 'fantomske' stanice
Malo ljudi zna da su neke stanice peterburškog metroa zatvorene. Jedna takva "mrtva" stanica je Dačnoje. Ova je stanica otvorena 1966. kao nadzemna stanica. Ovo je bilo prilično neobično za grad zbog njegove oštre klime. Izvorno je planirano da ova stanica bude privremena dok su planirane stalne stanice bile u izgradnji. Stavljena je izvan upotrebe 1977., a kasnije je postala sjedište lokalne prometne policije.
Još jedna tajanstvena značajka gradskog metroa su takozvane "fantomske" stanice - stanice kroz koje vlakovi prolaze bez zaustavljanja. Dugo je vremena najdublja ruska postaja (89 metara) bila Admiraltejskaja. Dok su graditelji uzaludno pokušavali dovršiti njezino predvorje na površini, putnici metroa su jedva mogli razaznati mračnu dvoranu stanice kada bi vlak prolazio kroz podzemlje.
Stanice metroa umjesto crkava
Većina peterburških stanica metroa je izgrađena u doba Sovjetskog Saveza kada je religija bila pod represijom, i najmanje su tri pravoslavne crkve uništene radi metroa. Jedna od njih je bila Crkva Spasitelja na Trgu Sennaja, izgrađena 1750-ih, koju je navodno dizajnirao Rastrelli.
Na vrhuncu protuvjerske kampanje Nikite Hruščova 1961. godine, crkva je divljački raznesena na komadiće, a na njezinom se mjestu pojavilo predvorje stanice metroa Sennaja Ploščad. Nedavno je odlučeno da će se crkva ponovno izgraditi u blizini stanice metroa.
Skriveni Staljin
Kad smo već kod sovjetske teme, vrijedi se prisjetiti Staljinovog utjecaja na peterburški metro. S obzirom na to da je sustav bio brzo izgrađen nakon Drugog svjetskog rata, svaka je stanica imala barem jednu sliku pobjedničkog sovjetskog lidera. Međutim, sustav metroa je otvoren tek nakon Staljinove smrti 1955. godine, a uskoro je uslijedila kampanja protiv sjećanja na njega. Tako je metro otvoren bez ijednog mozaika sa Staljinovim likom, a jedini postojeći reljef se nalazi na stanici Ploščad Vosstanija. Stanica Narvskaja je imala jednu od najvećih umetnutih ploča sa slikom Staljina, ali je 1961. prekrivena lažnim zidom, bez oštećivanja mozaika. Danas nema jasnih dokaza nalazi li se Staljinova slika i dalje netaknuta iza zida.
Domišljati ukrasi
Nisu samo stare stanice poznate po svom izvanrednom dizajnu. Jedan se zabavni incident dogodio kada je 2012. otvorena stanica Meždunarodnaja. Tema njezinog unutarnjeg uređenja je bilo Stvaranje svijeta, koje je uključivalo ogroman mozaik s potpuno golim Altasom. Večer uoči otvaranja stanice je odlučeno da bi slika mogla biti previše neugodna za neke putnike, pa je Atlas na brzinu prekriven plaštom.
Stanica Buharestskaja također ima zanimljiv element dizajna sa značenjem. Zidovi platforme su ukrašeni zlatno-crvenim ukrasnim uzorkom duž cijele njezine dužine. Samo oni najpažljiviji mogu uočiti malu pticu pjevicu. Ova je ptičica ubrzo postala dobar znak za one koji je ugledaju kad silaze s vlaka.
Potopljene stanice
Neke stanice peterburškog metroa se nalaze u područjima koja su sklona poplavama, kao što su Nevski prospekt, Admiraltejskaja, Krestovski ostrov i Sportivnaja. Te i druge stanice su izgrađene tako da su njihovi temelji viši od prosječne stanice, tako da ih je sigurnije koristiti kada se dignu poplave.