Za vrijeme rata Japan je bio saveznik nacističke Njemačke i nije odustao od planova da ratuje protiv SSSR-a, unatoč sporazumu o uzajamnoj neutralnosti sklopljenom u travnju 1941. godine u Moskvi. Tijekom rata je japanska strana više puta namjerno kršila sporazume.
Vladajući krugovi i specijalne službe Japana velike su nade polagali u primjenu bakteriološkog oružja. Ono se promatralo kao sredstvo koje može odigrati gotovo odlučujuću ulogu u borbi protiv neprijatelja.
Na izradi i testiranju ovakvog oružja radili su 731. i 100. specijalni odred Kvantuške armije. Ljude su inficirali izazivačima kuge, antraksa, kolere, tifusa i drugim mikrobima, uslijed čega je većina njih umrla u mukama, dok su preživjeli bili izloženi daljnjim eksperimentima, a zatim ubijani. Kao žrtve japanskih militarista stradale su tisuće ljudi, prenose ruski mediji.
Prema dokumentima s kojih je skinuta oznaka povjerljivosti, Japan je planirao da bakteriološki rat započne u lipnju 1945. Japan je kapitulirao u kolovozu iste godine.