Boljševici su u svojoj anticrkvenoj kampanji zatvorili i uništili na desetke tisuća crkava. Prije revolucije je u Rusiji bilo preko 4000 manastira i 54 000 crkava, a početak Perestrojke je dočekalo samo 15 manastira i 6893 crkve.
Crkve koje nisu uništene oduzete su Ruskoj pravoslavnoj crkvi te su se koristile u sasvim druge svrhe. Mnoge su preuređene u domove kulture i pionirske kružoke, a pojedini manastiri su korišteni kao zatvori i logori Gulaga.
Skladište
Neuništene crkve su većinom pretvorene u skladišta - ili za potrebe neke tvornice, ili za čuvanje žita, brašna i šećera.
Žitelji Lenjingrada su za vrijeme opsade znali da njemačka avijacija koristi visoku katedralu sv. Izaka kao orijentir i da je neće bombardirati, te su zato u ovu crkvu doneseni vrijedni izlošci iz drugih muzeja. Ali i prije rata, još tijekom 1930-ih, u crkvi je postavljeno Foucaultovo njihalo.
Zvuči paradoksalno, no rat je sačuvao crkvu Kristova uskrsnuća u Peterburgu od uništenja, jer su tada vlasti imale preča posla. Crkva se tijekom opsade koristila kao mrtvačnica - u nju su se dovozila tijela Lenjingrađana koji su umrli od gladi. Poslije rata je crkva predana Malom opernom teatru da u njemu drži kazališne rekvizite.
Crkva svetog Klementa Rimskog u Moskvi je 1943. predana Lenjinovoj knjižnici da ga koristi kao skladište knjiga. Uzgred, knjige su iznesene iz crkve tek 2008. godine!
Vojarna
U krimskoj crkvi Kristova uskrsnuća u Forosu tijekom Drugog svjetskog rata bio je smješten odred sovjetske vojske. Crkva je ozbiljno oštećena u nacističkim zračnim napadima. Poslije rata je bilo planirano da se u potpunosti sruši, ali se to čudom nije dogodilo. Poslije Perestrojke je crkva predan Ruskoj pravoslavnoj crkvi i od tada služi svojoj svrsi.
Depo vatrogasne službe i autobusna stanica
Tijekom 1930-ih su vlasti u gradu Kasimovu u Rjazanjskoj oblasti zabranile da zvone crkvena zvona u crkvi Kristova uskrsnuća i sv. arkanđela Mihaela, tobože zato što je glasna zvonjava ometala nastavu u školama. Zvonik je tijekom 1940-ih dignut u zrak, a crkva je preuređena u depo vatrogasne službe. Po sadašnjem izgledu ovog objekta nemoguće je i pretpostaviti da je to nekada bila crkva. U sovjetsko vrijeme je ovaj objekt više puta preuređen i na kraju pretvoren u autobusnu stanicu koja i danas funkcionira.
Tvornica
Pojedine crkve su dane tvornicama, ali ne kao skladišta, nego kao mjesto gdje je organizirana proizvodnja. Primjerice, crkva Petra i Pavla u Suzdalju se koristio kao pekara.
Slično je prošla i crkva Blagovijesti u Kostromi - ona je također pretvorena u pekaru, i tek je tijekom 2000-ih vraćena Ruskoj pravoslavnoj crkvi.
Moskovska crkva svetog Borisa i Gleba u Degunjinu je 1941. preuređen u ambulantu. Tijekom 1960-ih su u njoj bili pogoni tvornice trikotaže, a za vrijeme Perestrojke je Znanstveno-tehnički kompleks "Mikrokirurgija oka" iznajmljivao ovaj prostor kao garažu. Danas je crkva vraćena pravoslavnoj crkvi i u njoj se vrše bogoslužja.
I moskovska crkva Rođenja Kristovog u Čerkizovu koristila se u različitim razdobljima kao mlin, skladište, pa čak i kao prodavaonica namještaja. Tijekom 1990-ih je renovirana i vraćena Ruskoj pravoslavnoj crkvi.
U prostorijama Voskresenskog manastira u gradu Toržoku i dan-danas je smještena šivačnica.
Planetarij
Možda je najneobičnija funkcija dodijeljena Nikolo-Kremljovskoj crkvi u gradu Vladimiru. Ovdje je 1962. otvoren planetarij za koji je specijalno napravljena kupola od plastike. Lokalne vlasti planiraju premjestiti planetarij u novi objekt, ali se on još uvijek nalazi u crkvi, i štoviše, tretira se kao važna obrazovna ustanova, jer se ovdje održavaju vježbe iz astronomije, predavanja i kvizovi.
Muzej
Mnogi komunisti su ipak shvaćali kulturno-povijesni značaj najpoznatijih crkava. Zato su ih sačuvali i pretvorili u muzeje. Te crkve su bile pod zaštitom države, restaurirane i zbrinute, tako da su danas u dobrom stanju i čak su bolje očuvane od crkava koje nisu bile oduzete Ruskoj pravoslavnoj crkvi.
Jedna od prvih crkava koje je sovjetska vlast pretvorila u muzej bila je katedrala sv. Vasilija Blaženog - najprepoznatljiviji simbol Moskve. U njoj je otvoren Povijesno-arhitektonski muzej. Priča se da su tijekom 1930-ih sovjetski dužnosnici nekoliko puta pokretali pitanje o rušenju ove crkve, i to u okviru projekta rekonstrukcije Crvenog trga, jer je crkva tobože predstavljala smetnju za promet. Međutim, Staljin osobno nije dozvolio da se crkva uništi. Usput, ova crkva još uvijek formalno pripada Državnom povijesnom muzeju.
U Kazanjskoj katedrali na Nevskom prospektu u Sankt-Peterburgu 1932. godine je otvoren Muzej povijesti religije i ateizma, a početkom rata su u njemu organizirane patriotske izložbe posvećene velikim vojskovođama iz prošlosti. Međutim, Nijemci su ubrzo bombardirali crkvu i na nekoliko mjesta probili kupolu, a dijelovi stropa su srušeni, tako da je crkva-muzej potpuno zatvorena.
Zatvor
U mnogim velikim manastirima su se i prije revolucije držali zatočenici (uglavnom politički zatvorenici), između ostalog i zato što su manastiri često udaljeni od naselja, imaju jake zidine i odgovarajuće ćelije. I sovjetska vlast je koristila te "pogodnosti" i pretvarala manastire u zatvore i logore. Na tisuće zatvorenika je držano u crkvama i skitovima tih manastira.
Najpoznatiji primjer je Solovecki manastir. Doduše, od doba Ivana Groznog do kraja 19. stoljeća kroz Solovecki manastir je prošlo ukupno oko 500 zatočenika, dok je u sovjetskom razdoblju u Solovecki logor, a zatim zatvor s posebnom namjenom, poslano oko 200 000 ljudi.
Pored Soloveckog manastira u logor je preuređen, primjerice, i Novospaski manastir (kasnije je u njemu bilo jedan od organa uprave NKVD-a i ženski kazneno-popravni dom), kao i Spaso-Andronikov manastir (koji je kasnije bio Dom za nezbrinutu djecu i odjel Narodnog komesarijata za obranu).